НБРМ наплаќа надоместоци од учесниците во системот за услугите коишто учесниците ги остваруваат преку МИПС.

Надоместоците зависат од следниве пет фактори:

  • начинот на пренесување на пораките во МИПС;
  • времето кога е доставен налогот за порамнување за плаќањата во денари;
  • бројот на порамнети налози;
  • видот на валутата (денари или евро); и
  • домашно или прекугранично плаќање во евра.
Надоместоците се регулираат во Одлука за видот и висината на надоместоците за услугите коишто ги дава Народната банка на Република Северна Македонија.