Në bazë të Ligjit për Bankën Popullore të Republikës së Maqedonisë dhe Ligjit për Bankat, Banka Popullore e Republikës së Maqedonisë është agjencioni i vetëm mbikëqyrës i autorizuar për licencim të bankave dhe kursimoreve në Republikën e Maqedonisë, si dhe për inspektim të punës së tyre. 

Qëllimi themelor i Bankës Popullore të Republikës së Maqedonisë gjatë ushtrimit të funksioneve mbikëqyrëse është ruajtja e një sistemi të sigurt dhe stabil bankar dhe mbrojtja e interesave të kursimoreve dhe kreditorëve tjerë të cilët kanë investuar mjete personale në banka. Në ushtrimin e funksionit të saj mbikëqyrës, Banka Popullore e Republikës së Maqedonisë aplikon një sërë standardesh të mbikëqyrjes të cilët bazohen në praktikat dhe standardet ndërkombëtare, të vendosura nga ana Komitetit të Bazelit për mbikëqyrje bankare.