Функцијата сигурност на информацискиот систем, заштита на личните податоци и класифицирани информации (ФСИС) има целосна самостојност и независност во своето работење и е надлежна за обезбедување и постојано унапредување на сигурноста на информациите и информациските средства, за следење и контрола на усогласеноста на интерната регулатива и на работењето  на Народната банка со прописите за заштита на личните податоци и безбедноста на класифицираните информации, како и за обезбедување непрекинатост во работењето на Народната банка. За таа цел, ФСИС како организациска единица од второто ниво на одбрана ги спроведува следниве активности:

• анализа на ризиците и предлагање мерки за нивно ублажување;

• подигнување на свеста кај вработените, советување и обука за правилна примена на регулативата;

• координирање на процесите за обезбедување усогласеност со релевантната регулатива и за обезбедување непрекинатост во работењето на Народната банка;

• следење / тестирање / контрола на усогласеноста на актите и на работењето со релевантната регулатива и

• известување на највисокото раководство.

Рамката за управување со системот за сигурност се темели на:

• Законот за Народната банка на Република Северна Македонија;

• Одлуката за пристапот и начинот на користење информации на Народната банка на Република Северна Македонија коишто не се јавни;

• Политиката за сигурност на информацискиот систем;

• Политиката за непрекинатост во работењето на Народната банка на Република Северна Македонија; 

• Законот за заштита на личните податоци;

• Законот за класифицирани информации и 
  соодветната интерна регулатива (правилници, насоки, упатства, технички упатства, процедури и сл.), со која се спроведуваат прописите за сигурност на информацискиот систем, за заштита на личните податоци, за безбедност на класифицирани информации и за обезбедување непрекинатост во работењетo.

Во ФСИС се овластени лица кои се одговорни за следење на усогласеноста на Народната банка со прописите од областа на:

• сигурноста на информацискиот систем (лице одговорно за сигурноста на информацискиот систем ‒ ОСИС);

• заштитата на личните податоци (офицер за заштита на личните податоци ‒ ОЗЛП);

• безбедноста на класифицираните информации (офицер за безбедност на класифицирани информации ‒ ОБКИ) и

• обезбедување непрекинатост во работењето (одговорно лице за обезбедување непрекинатост во работењето ‒ ООНР).

Овластените лица делуваат како единствена точка за контакт на Народната банка со: субјектите на личните податоци во однос на остварувањето на нивните законски права; Агенцијата за заштита на личните податоци, за прашања поврзани со обработката и заштитата на личните податоци; Дирекцијата за безбедност на класифицирани информации, во однос на безбедноста на класифицираните информации, како и со други регулаторни органи и тела.

Спроведувањето на Политиката за сигурност на информацискиот систем во Народната банка се надгледува од страна на Надзорниот одбор за информацискиот систем на Народната банка (НОИС). НОИС ги поставува стратегиските насоки и приоритети во областа на информатичката технологија и сигурноста на информацискиот систем на Народната банка, го надгледува развојот и спроведувањето на стратегиските планови за сигурноста на информацискиот систем, врши разгледување и одобрување на интерната регулатива за спроведување на Политиката за сигурност на информацискиот систем, на  приоритетите и на поголемите инвестиции во информатичката технологија, го следи статусот на поголемите ИТ-проекти и ги анализира и ги одобрува барањата за исклучоци од Политиката за сигурност на информацискиот систем. Начинот на работа на НОИС е уреден со деловник за работа.