НБРМ наплаќа надоместоци од учесниците во системот за услугите коишто учесниците ги остваруваат преку МИПС.

Надоместоците зависат од следниве пет фактори:

  • начинот на пренесување на пораките во МИПС;
  • времето кога е доставен налогот за порамнување за плаќањата во денари;
  • бројот на порамнети налози;
  • видот на валутата (денари или евро); и
  • домашно или прекугранично плаќање во евра.
Надоместоците се регулираат во Одлуката за единствената тарифа на надоместоците за услугите што ги врши Народната банка на Република Македонија.